Богослужение в храме пророка Божия Илии было возобновлено более 25 лет назад. Здание храма было передано Церкви в очень тяжелом инженерном состоянии. За эти годы в здании проведены большие противоаварийные работы, а в настоящее время, благодаря средствам выделенным Правительством Москвы, начинается полномасштабная реставрация с заменой всех коммуникаций, устройством гидроизоляции фундаментов, воссозданием утраченных колокольни и галереи, которая обеспечит удобный доступ в нижний и верхний храм. Работы будут проходить во всех частях здания, что требует прекращения богослужений.

Древний объем, включающий два храма – нижний (начала XVI в.) и верхний (второй половины XVII в.), сильно пострадал при возведении Теплых торговых рядов предпринимателями А.А.Пороховщиковым и Н.П.Азанчевским: была снесена галерея, изначально являвшаяся частью верхнего храма, перестроена южная апсида (в ее объеме купцы устроили лестницу),  Нижний храм XVI в. был упразднен и  в алтаре древней части прорублены дверные и оконные проемы, в четверике устроена калориферная печь, для обогрева Теплых торговых рядов, а древние массивные стены растесаны для прокладки калориферных каналов. С юга и севера объем храма был обстроен трехэтажными корпусами Теплых торговых рядов.  Они были выстроены купцами на церковной земле на срок аренды и по сути являлись временным, хотя и кирпичным сооружением, возведенном частью на неприспособленных фундаментах XVII века, а частью вообще без фундамента на строительном мусоре.  Все это сразу же сказалось на устойчивости зданий, находящихся в сложной геологической зоне.
Как свидетельствуют архивные материалы зданиям Теплых торговых рядов (и в первую очередь южной пристройке «церковного корпуса») практически сразу понадобился ремонт и укрепление, поскольку появились деформации и трещины.
В советское время верхний храм был закрыт и разделен перекрытием на два этажа, была снесена колокольня, а также  в 1980-х гг. проводились работы по укреплению фундаментов здания, которые не принесли заметных результатов.
Здание храма было частично передано Русской Православной Церкви Распоряжением мэра г. Москвы РМ-652 от 22 августа 1997 года. Верхний храм был в советское время изуродован до неузнаваемости: разделен перекрытием на 2 этажа и поделен на кабинеты, стены обшиты фанерой. В алтаре размещалась бухгалтерия фабрики механизированного счета. В существовании нижнего храма, который был засыпан строительным мусором, не были уверены даже специалисты.
Противоаварийные и реставрационные работы в храме начались с 1999 года. Аварийность здания была признана уникальной – стены Теплых торговых рядов разваливались и тянули за собой центральную храмовую часть. При строительстве гаража-стоянки была разрушена северная лестница. Всюду были глубокие многочисленные трещины, а кладка, как говорилось в Техническом заключении, во многих местах грозила «мгновенным обрушением». Заметную роль в восстановлении разрушенной святыни сыграл ныне покойный Г.Б.Бессонов – инженер-реставратор высшей категории, который разработал и осуществил поэтапный план выведения здания из остро-аварийного состояния. Древний памятник пришлось буквально собирать по частям: были заменены аварийные перекрытия, создан диск жесткости, препятствующий намечавшемуся раскрытию здания, восстановлены алтарные преграды, из южной апсиды был выведен пролет лестницы XIX в.

В 2000-2001 гг. был откопан, исследован и укреплен нижний храм, погрузившийся в культурный слой более чем на три метра. Заключение архитекторов и археологов подтвердило его древность. Первоначальные предложения по реставрации здания 1996-1998 гг. не предусматривали отрытие подземного храма, но, когда благодаря усилиям прихода эта работа была проделана, стало ясно, что это наиболее ценная часть памятника архитектуры. Под строительным мусором сохранился полный контур стен храма и алтаря на высоту более двух метров и многие интересные архитектурные детали XVI века.
В Верхнем храме, после освобождения стен от фанерной обшивки, были обнаружены росписи конца XVIII начала XIX веков. Во время работ по укреплению кладки стен и сводов, они в 2003-2005 годах по уникальной технологии были сняты со стен и перенесены на холст, что спасло их от окончательной гибели. Росписи составляют единый ансамбль, посвященный Евангельским чтениям Цветной триоди от Пасхи до недели Всех святых, и, по заключению специалистов, представляют историческую и художественную ценность.
Разработка проекта реставрации проходила в несколько этапов, на каждом из которых проект обогащался новыми историческими и техническими данными о памятнике.
В 2001 году на «Общественном совете при Мэре Москвы по проблемам формирования градостроительного и архитектурно-художественного облика города» при обсуждении строительства гаража-стоянки на месте корпусов Теплых торговых рядов были заслушаны предложения по открытию исторического дворика на уровне входа в Нижний храм и созданию археологического лапидария, а также раскрытию южного фасада храма на улицу Ильинка. Эти предложения были поддержаны в выступлениях Президента Союза Архитекторов России Ю.П.Гнедовского, главного архитектора Москвы А.В.Кузьмина, главного археолога Москвы А.Г.Векслера и Мэра Москвы Ю.М.Лужкова.
Решения Общественного совета легли в основу концепции создания Церковно-археологического комплекса при храме пророка Божия Илии и получили одобрение Святейшего Патриарха Алексия II.  Правительство Москвы в 2008 году выпустило специальное Распоряжение № 1533-РМ «О разработке предпроектных предложений по созданию единого церковно-археологического комплекса на основе объекта культурного наследия по адресу: ул. Ильинка, д. 3/8, стр.2».
По этому распоряжению были проведены сбор и подготовка историко-архивных материалов, обследование здания храма, а также работы по замене аварийной кровли (более пяти лет до этого здание в центре Москвы было покрыто рубероидом) и цементации фундаментов.
Предпроектные предложения по созданию Церковно-археологического комплекса не были реализованы по административным причинам, но стали основой для разработки проекта реставрации, которая началась в 2014 г. по инициативе и на средства Правительства Москвы.
Конкурс на разработку проекта выиграла организация ООО «Архитектурное наследие».
В 2014-2015 г. по Государственному контракту, заключенному с этой организацией, были проведены дополнительные обследования (инженерные, материаловедческие), а также археологические работы, позволившие обнаружить сохранившиеся фундаменты галереи XVII в., и  разработан проект реставрации с приспособлением, прошедший Государственную историко-культурную экспертизу и ставший лауреатом конкурса Правительства Москвы в области сохранения и популяризации объектов культурного наследия "Московская реставрация - 2015" в номинации «археологические исследования».
Этот проект обсуждался на заседаниях Комиссии по церковному искусству, архитектуре и реставрации при Епархиальном совете города Москвы. Членами комиссии были одобрены проектные решения, позволяющие сохранить от разрушения историческое ядро здания - храмы XVI и XVII веков и воссоздать историческую галерею храма.
В 2017 г.  в рамках того же контракта проект был доработан в части присоединения к инженерным коммуникациям в связи с изменением ситуации с наружными сетями и вновь получил положительное заключение Государственной историко-культурной экспертизы.
В 2019 г. проект реставрации храма получил положительное заключение ФАУ «Главгосэкспертиза», и затем была разработана рабочая документация к проекту.
В 2020 г.  в связи с пандемией на несколько месяцев были задержаны проведение конкурса и заключение контракта на производство ремонтно-реставрационных работ. Контракт был заключен с реставрационной организацией ООО «Ренессанс-Реставрация». В связи с большим объемом работ приходу было предложено перейти на время реставрации в другой храм. Им стал переданный Церкви в 2020 г. собор Всемилостивого Спаса бывшего Скорбященского монастыря.
Коллекция росписей храма также передана для реставрации в реставрационную мастерскую «Таласса».
Реставрация здания храма продлится более 2-х лет.

В настоящее время приход храма собирает деньги на колокола, которые будут установлены на воссозданной колокольне. Внести посильный вклад в возрождение звона на Ильинской колокольне, с которой в 1606 г. прозвучал набат, положивший начало преодолению Смуты, можно перечислив средства на счет  Благотворительного фонда «Пророка Божия Илии».

Бланк квитанции для пожертвования можно скачать здесь.


Восстановленная алтарная преграда Нижнего храма

Воздуховоды калориферного отопления 19 в. в кладке 16 в.